Події Resident Evil 3 розгортаються під час Resident Evil 2, дозволяючи з іншого боку поглянути на катастрофу, що спіткала Раккун-Сіті. Завдання головної героїні гри Джилл Валентайн - вибратися з охопленого хаосом міста.
Крім Джилл, в Resident Evil 3 управляти доведеться і солдатом служби з протидії біологічному зараження Umbrella Карлосом Олівейрою. На відміну від другої частини, гра не поділена на кампанії (сценарії) за різних персонажів.
Протистояти Джилл і її союзникам в Resident Evil 3 буде Немезіс - біологічна зброя на зразок Тирана з другої гри. Нова версія мутанта розумнішими попередньої і вміє поводитися зі зброєю, в тому числі ракетометом.